Presso il Consiglio della magistratura militare è costituito un ufficio di segreteria il cui organico è determinato con decreto del Presidente della Repubblica su proposta del Ministero della difesa. Presso l'ufficio di segreteria sono custoditi i documenti personali riguardanti i magistrati militari. I magistrati militari componenti dell'ufficio di segreteria continuano a esercitare le loro funzioni giudiziarie. Se richiesti, assistono alle riunioni del Consiglio.